Na comunidade de Macas, padre Sainaghi passou seus últimos anos de vida, acompanhado por seus coirmãos salesianos, com os quais compartilhava a mesma paixão: a vocação missionária.
Seu interesse pela vida religiosa e pelas missões surgiu em um oratório de Milão, onde conheceu um missionário salesiano da China, que se tornou seu professor de catecismo. Alguns meses depois, o professor precisou voltar para a China e pediu ao jovem Ambrosio que o substituísse no cargo de catequista. Este último aceitou a proposta e decidiu, então, iniciar o aspirantado.
Durante o noviciado, Sainaghi pediu para sair como missionário e foi designado para a América Latina. O Equador, país do qual pouco ou nada sabia, o aguardava. Ele chegou ali no dia 10 de novembro de 1950.
Estudou Teologia na Colômbia e em Bogotá e, após quatro anos, voltou ao Equador, em Gualaquiza, para a ordenação sacerdotal, realizada em 5 de novembro de 1961.
Bomboiza, comunidade salesiana situada na selva, que serve a população indígena Shuar, hoje lembra o padre Sainaghi com muito carinho, por ter sido um dos fundadores da comunidade. Seu trabalho era o de um missionário itinerante: levava a alegria do evangelho às comunidades da região, onde costumava encontrar e conversar com os jovens.
Sua atuação em Sucúa também merece destaque. Ali, ele trabalhou arduamente para que os Shuar pudessem tirar carteira de identidade e se tornarem cidadãos. Naquela época, a população não indígena demonstrava grande desprezo pelos indígenas, pois não possuíam carteira de identidade, mas ele lutou para que estes direitos fossem respeitados e os acompanhou durante todo o processo.
Padre Sainaghi passou boa parte de sua vida missionária, cerca de 30 anos, em Cuenca. A obra representava um lugar de acolhimento para os salesianos que vinham das regiões orientais para realizar tratamentos médicos, estudar ou adquirir produtos necessários para o trabalho nas comunidades.
Ali, ele teve a oportunidade de trabalhar com as crianças de rua que sobreviviam trabalhando como engraxates ou vendendo jornais. Ele costumava reuni-las aos finais de semana, organizando jogos de futebol, servindo refeições e roupas e falando sobre o amor de Deus, assim como Dom Bosco costumava fazer com as crianças que chegavam a Turim, vindas de várias regiões da Itália.
Padre Sainaghi foi um homem e um salesiano que cumpriu sua vocação com satisfação. Em uma entrevista de 2016, ele declarou: “Não me arrependo de ser salesiano: estou feliz e contente, feliz por ter dado a minha vida pela missão e, se Deus permitir, por continuar trabalhando segundo a minha vocação missionária, que tive a sorte de exercer por toda a minha vida”.