Em busca de renovar o ideal do museu, em 2003, a Missão Salesiana de Mato Grosso (MSMT) juntamente com a UCDB, se uniu ao Governo do Estado do Mato Grosso do Sul para a implantação de uma nova estrutura, no Parque das Nações Indígenas. Uma vez que as tribos indígenas são parte do museu, existem critérios étnicos ao renovar as ideias para a exposição de suas culturas e essa foi uma das preocupações existentes ao projetar a reestruturação. Os povos indígenas contribuíram completamente ao definir os formatos das exposições, que foram elaboradas de forma a remeter a organização e crenças de cada tribo.
A inovação foi o ponto principal na reformulação do museu, porém era necessário unir o respeito à esfera sagrada dos objetos às ideias de construir algo que fugisse da ideologia clássica de grande parte dos museus etnográficos europeus. Assim surgiu a estrutura atual, um local interativo que conta com uma exposição moderna e atrativa.
Exposições de longa duração e temporárias são apresentadas através de uma comunicação gráfica, digital e audiovisual, que possibilita a união entre o contexto histórico, o mergulho na ancestralidade e os ideais de integração entre museu e visitante. Segundo o coordenador geral do Museu, Dirceu Maurício van Lonkhuijzen, o museu não está apenas guardando os objetos como um simples patrimônio, mas está possibilitando a interação com o público. Assim se torna possível reforçar a importância das diversas etnias, que sempre existiram na região e fazem parte da construção histórica e cultural do país.
Visitas são possíveis de terça a domingo, inclusive feriados, das 8h às 16h30. Para conhecer o museu com a sua escola e obter informações basta entrar em contato através do número (67) 3326-9788 ou pelo e-mail Este endereço de email está sendo protegido de spambots. Você precisa do JavaScript ativado para vê-lo..